在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。　　不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，　　栖息着奇妙奇怪的生物们，　　沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。　　“阿比斯”那

在南极的冰层深处，一队地质学家发现了一个古老的纳粹实验室，它仍然完好无损，那里曾发生过黑暗实验。为了征服世界，纳粹创造了能够飞行的改良鲨鱼，它们的骑手是基因突变的不死超级人类。一个名为“死肉四人”（在

1999年，墜落地球的巨大隕石奪去了整個海洋。與此同時，地球外生物WORM亦開始在世界各地繁殖。為了對抗在一瞬間支配了廣泛地區的WORM，人類成立了對WORM組織ZECT。ZECT開發出幪面超人系統，

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。