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2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时
欧文是第三频道的记者，发现了市长的腐败，电视台却不让他说出真相，为了揭开真相，欧文和朋友们成立了简陋的工作室，经过一些列的努力成功将市长拉下台。
